Siostry Bernardynki były najpierw tercjarkami, stąd też pełna nazwa zakonu brzmi: Mniszki Trzeciego Zakonu Regularnego świętego Franciszka z Asyżu, zaś pozdrowienie – Pokój i Dobro! – to tradycyjne pozdrowienie franciszkańskie. Historia sióstr Bernardynek w Polsce łączy się szczególnie z powstałą w Krakowie w 1453 r. prowincją oo. Bernardynów, założoną przez św. Jana Kapistrana. Przy krakowskim klasztorze powstała pierwsza żeńska wspólnota tercjarek, z której ewoluowało klauzurowe zgromadzenie zakonne klasztory o nazwie „siostry Bernardynki”. 

Wspólnotowe życie zamknięte, jeszcze nie w pełni klauzurowe, siostry podjęły w 1459 r., w klasztorze na krakowskim Stradomiu. W XVI wieku istniało już ponad 30 domów żeńskich w Polsce. W 1561 r. Pius V dla sióstr żyjących w klauzurze nadał pierwsze ustawy połączone ze ślubami. Nowelizacje ustawowe następowały z nadania kolejnych papieży – Mikołaja IV i Leona X. Natomiast początki klasztoru drzewickiego – macierzystego dla św. Katarzyny – to 1626 r., kiedy to Anna Drzewicka ufundowała klasztor i kościół pw. św. Stanisława. Klasztor wraz z kościołem został zniszczony przez pożar w 1675 r., a ruiny zostały ostatecznie rozebrane w 1803 r. Bernardynki zostały wówczas przeniesione do zamku, który w 1651 r. zapisała im Barbara Lubstawska z córką Anną. W zamku urządzone zostały dwie kaplice – dolną dla świeckich i górną, objęta klauzurą, dla zakonnic.

18 lipca 1815 r. decyzją kapituły w Paradyżu i z nadania biskupa de Boża Wola Górskiego siostry osiedliły się w Świętej Katarzynie. Zabudowania niejednokrotnie niszczyły pożary, m.in. w 1847, co wymuszało przebudowę obiektu. Przed powstaniem styczniowym klasztor został przez rząd wybrany na miejsce pobytu dla kobiet skazanych administracyjnie, na dom poprawczy dla kobiet zamieszanych w sprawy polityczne). W ramach represji za poparcie powstania styczniowego przez wielu zakonników władze rosyjskie postanowiły zlikwidować wiele klasztorów w Królestwie Kongresowym. Te, które pozostały, ukazem z 1864 r. zostały podzielone na etatowe i nieetatowe – skazane na wymarcie. Klasztor w Świętej Katarzynie uznano za etatowy, co teoretycznie dawało gwarancje rządu na przetrwanie, ponieważ formalnie nie zniesiono w nim nowicjatu. Nie mógł on jednak przyjmować nowicjuszek, dopóki istniał na terenie Królestwa Polskiego bodaj jeden klasztor nieetatowy danego zakonu. W praktyce więc nowicjaty klasztorów etatowych pozostawały niedostępne do momentu śmierci ostatniego członka klasztoru nieetatowego.

W 1864 r. klasztor został uznany za etatowy – we wspólnocie mogło być do 14 sióstr. W 1905 r. w klasztorze pozostało już tylko sześć sióstr, jednak gdy wraz z ukazem tolerancyjnym otwarto nowicjat po 15 latach ich liczba wzrosła do 20. 

Do II wojny światowej klasztor utrzymywał się z jałmużny oraz z posagów, które wnosiły kandydatki, pochodzące ze szlacheckich lub mieszczańskich rodzin. Siostry na co dzień oddawały się przede wszystkim modlitwie, wykonywały prace domowe, specjalizowały się w hafcie, natomiast sprawy gospodarcze prowadzili tercjarze i tercjarki posługujący przy klasztorze.

Wojna i okupacja odcisnęły swe piętno na spokojnym dotychczas życiu sióstr. Podczas gdy nieopodal klasztoru stacjonowali hitlerowcy, zakonnice angażowały się w pomoc żołnierzom Polski Podziemnej: chodząc po wodę do źródełka św. Franciszka zanosiły w konewkach zupę partyzantom. 

W latach 1925-62 siostry z pomocą tercjarek prowadziły szkołę dla dziewcząt, które uczyły się prac domowych: gotowania, szycia, haftu. Obecnie zakonnice opiekują się kościołem i klasztorem, a przede wszystkim modlą się – w intencjach proszących o to ludzi, Ojczyzny, Kościoła, Ojca Świętego.