Corocznie 4 października celebruje się tu tzw. Transitus – nabożeństwo upamiętniające śmierć i drogę do chwały nieba św. Franciszka. Nabożeństwo odprawiane jest w kościele. Odbywa się ono przy udziale sióstr, okolicznej ludności, leśników Świętokrzyskiego Parku Narodowego i turystów.

Niewiele zmieniło się od opisywanych w Tygodniku czasów. Obecnie, jak i wówczas, do kościoła prowadzą małe krużganki, a boczne drzwi wciąż blokuje się okazałą drewnianą belką. Najstarsze są mury, fragmentami z XIV w. Kościół jest jednonawowy, zbudowany na planie prostokąta, z prezbiterium oddzielonym od nawy szeroką arkadą. W przyziemiu czterokondygnacyjnej wieży znajduje się kruchta, połączona z późnorenesansowymi krużgankami, przez które prowadzi wejście do świątyni. W tym miejscu warto zwrócić uwagę na płaskorzeźbę przedstawiającą Ukrzyżowanie, pochodzącą z XV w.

Wnętrze świątyni w obecnym kształcie urządzone zostało stosunkowo niedawno. XIX-wieczne źródła podają informacje o co najmniej pięciu ołtarzach, wykonanych w XVII w.: św. Anny, Matki Bożej i św. Franciszka (1645), Najświętszej Maryi Panny Bolesnej (1674) oraz św. Antoniego (1688). Całe to wyposażenie spłonęło w pożarze w 1847 r. Do kościoła przeniesiono wówczas stary, drewniany ołtarz św. Tekli z rozebranego kościoła z Nowej Słupi. Jego najcenniejszym elementem był XVI-wieczny obraz Matki Bożej w formie tonda, dziś umieszczony nad drzwiami do zakrystii, po lewej stronie prezbiterium. W zapiskach z lat 30. XX w. pojawia się natomiast informacja o znajdujących się w bocznych ołtarzach obrazach Matki Bożej i św. Antoniego, malowanych przez Joannę Ledoux.

Obecny wystrój wnętrza – efekt kompleksowego remontu z lat 80. XX w., kiedy to kościół został przystosowany do potrzeb liturgii posoborowej – jest po franciszkańsku skromny. W ołtarzu głównym znajduje się krzyż św. Franciszka, na ścianach arkady obrazy Matki Bożej Częstochowskiej i św. Franciszka. Po prawej stronie umieszczony jest posąg św. Katarzyny, zapewne wzorowany na zaginionej w pożarze oryginalnej figurze patronki kościoła, zaś po lewej – figura Jezusa Miłosiernego.

Na osobną wzmiankę zasługują wprawione w ściany kościoła epitafia inskrypcyjne: Tekli z Krzywickich Janikowskiej (zm. 1810), Wincentego Janikowskiego (zm. 1845) i Franciszka Terczyńskiego (zm. 1847). Najstarsze z nich, Krzysztofa i Katarzyny Broniowskich, pochodzi z około 1639 r. Jeszcze w połowie XIX w. na epitafi um tym dało się odczytać następujący napis:

Jam sobie podle ciebie swój pokój obrała / Mój małżonku! Któremum wiarę była dała, / Żem cię nie miała do swej śmierci odstępować: / Lecz ci jej chcę jak żywa, tak martwa dochować. / Jakom ci tu doczesnym towarzyszem była, / Tak abym wiecznie z Tobą w łasce Bożej żyła.

O Katarzynie Broniowskiej opowiada legenda, że będąc dwuletnim dzieckiem wypadła z kolaski, którą wraz z rodzicami przejeżdżała przez Świętą Katarzynę. Wydawało się, że nie przeżyła, lecz wyczerpawszy wszelkie środki ratunku nieszczęsna matka, cudu iście wyglądając, skarb swój składa na ołtarz św. Katarzyny. Modlą się kapłani [w owym czasie włodarzami kościoła byli oo. Bernardyni], zanosząc się od płaczu, błaga też Boga sama Broniowska. Skończona litania, dziecina daje znak życia, oczy otwiera, wyciąga rączyny do matki. Wskrzesiła więc zmarłą święta jej patronka, dziecięciu bowiem na imię było Katarzyna… Cudownie ocalałą dziewczynkę rodzice poświęcili Bogu i przeznaczyli do zakonu. Po kilkunastu latach zakochał się w niej jednak daleki krewny, Krzysztof Broniowski, również – jak się okazało – ofiarowany w dzieciństwie Bogu. Narzeczeni uzyskali dyspensę kurii rzymskiej i pobrali się, a w dowód wdzięczności hojnie uposażyli kościół i klasztor w Świętej Katarzynie, zaś po śmierci pochowani zostali w kościelnych podziemiach.

Nieopodal kościoła znajduje się kapliczka Janikowskich, bardziej znana jako kapliczka Stefana Żeromskiego, ponieważ 2 sierpnia 1882 r. pisarz i jego przyjaciel Jan Stróżecki podpisali się na wewnętrznej, południowej ścianie. Napis, nieco zniszczony, zachował się do dziś. Kapliczka stoi na skraju Puszczy Jodłowej przy czerwonym szlaku turystycznym. Ufundowana została przez Wincentego Janikowskiego dla jego żony Tekli z Krzywickich, których epitafia umieszczone są w kościele.

XVII–wieczny rodowód ma natomiast drewniana kapliczka św. Franciszka przy szlaku na Łysicę. Około roku 1641 powstał w tym miejscu kościółek, a przy nim dwie cele dla pustelników. Ponoć często w kościółku tym celebrował ks. Andrzej Trzebicki, biskup krakowski. Gdy z czasem budowla zniszczała, wystawiono w tym miejscu kapliczkę. Znajdujące się obok niej źródełko uważane jest za cudowne – woda z niego pomagać ma na choroby oczu. Corocznie 4 października celebruje się tu tzw. Transitus – nabożeństwo upamiętniające śmierć i drogę do chwały nieba św. Franciszka. Nabożeństwo odprawiane jest w kościele. Odbywa się ono przy udziale sióstr, okolicznej ludności, leśników Świętokrzyskiego Parku Narodowego i turystów.